После смерти Итачи Саске узнаёт всю правду о брате и уничтожении клана, и решает разнести Коноху до основания.  Однако неожиданно что-то заставляет его передумать, и Учиха возвращается в деревню. Тем временем Коноха стоит на пороге политического переворота – Корень,  во главе с Данзо,  собирается свергнуть Хокаге и советников, и прибрать к рукам всю власть. Своих намерений Корень не скрывает, поэтому обе стороны готовятся к вооружённому столкновению.  Пятая планирует привлечь на свою сторону деревню Скрытого Песка, хотя многие против вмешательства извне.
Тем временем Итачи на самом деле выжил, скрываясь и от Акацуки, и от Листа, опасаясь возвращаться в деревню из-за охоты, которую тут же на него откроют. Узнав о перевороте, планирующемся в Конохе, старший Учиха решает помочь в борьбе с Данзо и тайно связывается с Хокаге.
Тем временем в Акацуки Мадара пытается убить Пейна, видя в нём явную угрозу для себя и считая, что тот действует за его спиной. Бывший Лидер Акацуки сбегает и строит планы по мщению. Мадара  предлагает помощь Корню в свержении верхушки Конохи.

И еще: внимательно следите за возможными изменениями сюжета - он пока не утвержден полностью.